利用R包Pheatmap绘制简单热图

介绍

热图可以聚合大量的数据，并可以用一种渐进色来优雅地表现，可以很直观地展现数据的疏密程度或频率高低。基因和样本都可以单独聚类，排序，聚类再分组，行列注释，配色调整，调整聚类线以及单元格的宽度和高度均可实现。因此记录一下解决办法。

内容

• install.packages(“pheatmap”)

• 选择CHINA节点

• library(pheatmap)

• 准备数据，最简单粗暴的方式，从Excel中复制

• Exp<-read.delim(“clipboard”,header=T,row.names=1)

• pheatmap(Exp, cluster_row = FALSE,cluster_col = FALSE,display_numbers = TRUE,number_color = “white”,border=FALSE,cluster_cols=F,color = colorRampPalette(c(“navy”, “white”, “firebrick3”))(50))

Tips:本示例未作行列方向聚类。

参考

1. 最简单最实用的R语言热图绘制教程
2. pheatmap:暴雨暂歇，“热图”来袭

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